仿真算出结果40thz以后曲线一直上升，但是实验得出的值几乎为0，为什么？

40THz可是相当高的频率。
两种可能性：
（1） 数值仿真收敛性问题
既然低频段的正确，40THz以后的结果不对可能和离散网格大小有关。
为了保证计算的收敛性，离散网格大小在所有频率点都应该不大于十分之一的波长。
频率越高，波长越短，离散网格应该设置得越小。
（2）物理模型问题
在40THz时，试验时真实情况和数值仿真模型可能有差异。
例如，40THz时材料的吸收特性、介电常数等等和低频时有差异，从而导致数值仿真模型无法正确表征试验时的真实情况。

在40thz以后s21越来越大不知道是不是不收敛的原因，我分了两段来算，重新设了pml层的厚度，还是不太好，但是不会越来越大了，在0.4左右。而且因为分段算，分段点附近会有跳跃，
如果是离散网格问题，应该怎么解决。

什么东东有40THz啊，靠什么测试。
从曲线看应该是FFT变换时数值误差造成的，不可信

既然用hfss仿的，是否可信，先看看 迭代的曲线是否收敛，如果收敛却还是觉得有问题，那就减小误差允许值，比如调整为0.01等。还可以增加迭代次数。
另外你仿真如此宽的频带，cst可能更适合。
还有，这个频段是否可以考虑用 几何光学类的软件来处理了?